我国水资源分布不平衡，水质型缺水问题严重，跨流域调水工程多，水资源的开发利用与保护都对水质监测提出了更高的要求，也使水质监测具有了更加特殊的意义。水权交易、国家间的水事磋商等也都离不开水质监测数据。目前我国面临的问题一是水质监测站点多以掌握地表水水资源质量功能为主，缺乏对地下水的监测和对大气降水水质监测。二是水质监测站的总数少于水功能区的数量，不能反映全部水功能区的水质状况。三是各级水质监测中心的采样能力不足，监测频率低，水质监测实验室的水质监测系统设备老化，大型分析仪器配备不平衡。四是机动监测能力不足，移动水质分析监测实验室配备数量太少，现场监测能力低。五是自动水质监测站数量太少，缺乏自动测报能力，难以获得重点水功能区主要水质监测的实时数据。
　　
　　国外早期河流水系的水质监测方法是定时定点在河流的某些断面取瞬时水样，带回实验室分析，这种人工抽查式的监测方法不能及时、准确地获得水质不断变化的动态数据。为了尽早发现水质的异常变化，迅速作出下游水质污染预报，及时追踪污染源，研究水的稀释、自净规律，国外在完善实验室监测的同时，陆续发展了水质移动监测系统和自动监测系统。水质监测系统以移动监测车为基本监测单元，以便携水质实验室和现场水质多参数分析仪为分析手段，以全球卫星定位系统和无线数据通信装置为信息载体，有效地解决了偏远地区、水域水质监测的困难。
　　
　　现代化、信息化、系统化的水质监测体系日益提上议事日程，我们认为在现有的四级水质监测体系下，以提高水质监测技术的现代化、标准化以及管理制度化的水平为目标，逐步建立起实验室、移动监测和自动监测相结合的立体化水质监测系统，并统一在水利部水质监测中心之下，可以有效全面的解决我国可持续发展过程中所面临的水质监测问题。